En 1985, Su Santidad Juan Pablo II visitó Perú. Motivados por dicha visita, los iniciadores del Camino Neocatecumenal, Kiko Argüello, Carmen Hernández y el P. Mario Pezzi, hicieron una llamada vocacional a los jóvenes pertenecientes a estas comunidades en el Perú. Se ofrecieron más de 100 jóvenes para prepararse al presbiterado.

En 1986, por recomendación hecha al entonces P. José Luis Del Palacio y al P. Antonio Garciandía, responsables del Camino Neocatecumenal en el Perú, de parte del Emmo. Sr. Cardenal Antonio María Javierre, entonces Secretario de la Congregación para la Educación Católica, y de Mons. Ripa, minutante de la misma Congregación, se inició la formación de los candidatos al sacerdocio bajo el cuidado del Excmo. y Rvdmo. Mons. Ricardo Durand Flórez, S.I., Arzobispo-Obispo del Callao. Con este propósito, Mons. Durand erigió el Seminario para Vocaciones Adultas “Juan Pablo II”, que empezó a funcionar con 26 seminaristas en una casa pequeña, pero adecuada, situada en el Distrito de La Punta del Callao (Perú).

Inicialmente se estudiaban en este Seminario, solamente, las disciplinas filosóficas, a cargo del entonces Rector P. Juan José Armendáriz y un equipo de profesores integrado por cinco personas. Los estudios teológicos se hacían en la Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima.

En los años siguientes, el número de seminaristas y de personal destinado a su formación fue aumentando y, al mismo tiempo, se definió con mayor claridad la finalidad propiamente misionera del Seminario. Más adelante, en 1989, el Excmo. Arzobispo-Obispo del Callao,Mons. Durand, a petición de Kiko Argüello, Carmen Hernández y el P. Mario Pezzi, consideró oportuno cambiar el nombre del Seminario para Vocaciones Adultas “Juan Pablo II” a Seminario Diocesano Misionero Redemptoris Mater y Juan Pablo II, con el objetivo de formar presbíteros diocesanos para la Nueva Evangelización del Perú, de América Latina y del Mundo siguiendo los Estatutos y Regla de Vida del Seminario “Redemptoris Mater” de la Diócesis de Roma.

En octubre de 1990, S.E. Mons. Ricardo Durand, S.I., nombró nuevo Rector del Seminario Diocesano Misionero Redemptoris Mater y Juan Pablo II al P. Ángel Ciriza Aguirre, quien hasta ese momento se encontraba como Vice-Rector del mismo. El Rector anterior fue destinado al Seminario Redemptoris Mater de Madrid (España).

1. A partir de 1992, debido a que el número de alumnos de filosofía y teología era de unos 70 y que también había aumentado el profesorado, se vio conveniente asumir en el los tratados teológicos. El 24 de enero de 1992, la Conferencia Episcopal Peruana, a petición del Ordinario, reconoció explícitamente los estudios filosóficos y teológicos de nuestro Seminario y el 4 de febrero del mismo año, después de analizar el plan de estudios, declaró al Diocesano Misionero Redemptoris Mater y Juan Pablo II como Centro Educativo de Segundo Ciclo de Educación Superior.

El mismo año 1992, el Ministerio de Educación del Perú reconoció y registró al Seminario en la Dirección General de Educación Superior, mediante Resolución Directoral N° 1303-92-ED. Dicha Resolución fue ratificada en enero de 1995 por el Decreto Supremo N° 06-95-ED del Presidente de la República.

Esta nueva dimensión académica del Seminario exigió la ampliación de las estructuras del local. Para este fin, gracias a Dios, se adquirieron varios inmuebles, entre ellos una antigua casona colindante con el Seminario y calificada como monumento histórico-artístico. Después de la restauración, obra que mereció la aprobación y el elogio del Instituto Nacional de Cultura, esta casona se inauguró como sector académico en 1994. El nuevo ambiente de estudios supuso un aumento considerable en las áreas docentes, así como las de servicios complementarios y, en especial, la destinada a la Biblioteca.

En 1994 el Sr. Arzobispo-Obispo del Callao crea la Cátedra “Vaticano II y Nueva Evangelización” cuya finalidad es el estudio de los temas de mayor actualidad en el desarrollo teológico de la Iglesia, a la vez que busca difundir la sana doctrina en obediencia al Magisterio de la Iglesia, contando con la presencia de profesores de prestigio, del país y del extranjero. Desde sus inicios, esta Cátedra la dirige el Rvdo. Dr. D. José Luis Del Palacio y Pérez-Medel.

En 1995 S. S. Juan Pablo II aceptó, por razones de edad, la renuncia al oficio pastoral de Mons. Ricardo Durand Flórez, S.I. Asumió el gobierno de la Diócesis el hasta entonces Obispo Coadjutor, Mons. Miguel Irizar Campos, C.P., quien confirmó todos los cargos, así como los Estatutos y Regla de Vida del Seminario.

1. Un año después, la Congregación para la Educación Católica emitió el Decreto de Afiliación del Seminario Mater y Juan Pablo II del Callao a la Facultad de Teología de la Pontificia Universidad Urbaniana. En 1998, la misma Congregación decretó la afiliación de este Seminario a la Facultad de Filosofía de la citada Universidad, pudiéndose otorgar desde entonces los grados de Bachiller en Sagrada Teología y Bachiller en Filosofía, respectivamente.

El día 30 de agosto de 2001, Solemnidad de Santa Rosa de Lima, la Santa Sede, por medio de la Congregación para la Educación Católica, erigió el Instituto Superior de Estudios Teológicos Redemptoris Mater, con la potestad “sui iuris” de otorgar a nombre del Sumo Pontífice los grados y títulos de Bachillerato y Licenciatura en Teología. Para los estudios filosóficos continúa vigente la Afiliación a la Facultad de Filosofía de la Pontificia Universidad Urbaniana de Roma.

Algunos años después, el 28 de octubre de 2004, Solemnidad del Señor del Mar y titular de nuestra Diócesis, por Decreto Prot. N.° 1174/2004, la Congregación para la Educación Católica erigió la Facultad de Teología Redemptoris Mater, aprobó sus Estatutos y nombró Rector de la misma a S.E.R. Mons. Javier Del Río Alba, Obispo Auxiliar del Callao.

Desde entonces la Facultad de Teología Redemptoris Mater viene realizando su misión propia. El Señor ha bendecido esta obra haciéndola crecer en alumnos, profesores e instalaciones.

El 20 de agosto del año 2006, el Rector de nuestra Facultad, Mons. Javier Augusto Del Río Alba, fue nombrado, por Su Santidad Benedicto XVI, Arzobispo Coadjutor de la Arquidiócesis de Arequipa. Por ello, asumió de forma interina, por Decreto del Gran Canciller, las funciones de Rector el Rvdo. Dr. Antonio C. Molinero Espadas; siendo nombrado Rector el 24 de febrero de 2009 por la Congregación para la Educación Católica.

En diciembre de 2011,Su Santidad Benedicto XVI nombra Obispo del Callao al Rvdo. P. José Luis Del Palacio Pérez Medel, quien formaba parte del Comité Directivo de la Facultad y era catedrático de la misma, asume así el cargo de Gran Canciller de la Facultad de Teología Redemptoris Mater.

El 24 de agosto del año 2009 el Rvdo. Dr. D. Antonio César Molinero Espadas fue nombrado por su Santidad Benedicto XVI, Rector de la Facultad de Teología Redemptoris Mater por un trienio renovable.

El 15 de agosto de 2012 y según decreto N° 2255 el Rvdo. Dr. D. Antonio César Molinero Espadas fue nombrado por su Santidad Benedicto XVI Rector de la Facultad por un nuevo trienio.

El 14 de diciembre de 2015 y según decreto 2740- B fue nombrado por su Santidad el Papa Francisco como Rector de la Facultad Redemptoris Mater el Rvdo. Dr. D. Carlos Elías Echeverría Bouche por un trienio renovable.